Para que un auto sea llamado Muscle Car, debe ser fabricado en Estados Unidos, coupé, de tracción trasera, capacidad para 4 pasajeros y motor V8.
En 1969 se introdujeron diversas modificaciones estéticas que afectaban sobre todo al frontal. Se adoptaron dobles faros delanteros, situando el par adicional en los extremos de la parrilla, pero dentro de ésta. La insignia del caballo modificó su forma y su posición, siendo más pequeño y situándose en el lado del conductor. La distancia entre ejes se mantuvo en 108 pulgadas, sin embargo la longitud total se incrementó en 4 pulgadas y su anchura en casi media pulgada. A la ya de por si amplia gama se unieron nuevas versiones, tales como los Match 1, Boss y Grandé. En portada un Convertible de 1969.
También apareció la versión E, una versión económica con motor de 6 cilindros 250 pulgadas cúbicas, 155 CV y cambio automático. Un nuevo motor V8 de 351 pulgadas cúbicas de cilindrada estuvo disponible a partir de 1969 en dos versiones de 250 y 290 CV.
La versión Boss 302, disponible sólo con carrocería fastback, equipaba una versión de alto rendimiento del motor de 302 pulgadas cúbicas y una decoración exterior específica.
En este año apareció una de las versiones más exclusivas del Ford Mustang: el Boss 429. Fueron ensamblados por la empresa Kar-Kraft, relacionada con la competición de Nascar, equipando la versión de 429 pulgadas cúbicas del motor V8, empleada en esta competición. Su montaje artesanal se efectuaba en la planta de Brighon, Míchigan. Su gama de colores se reducía a las tonalidades “Raven Black”, “Royal Maroon”, “Black Jade”, “Candyapple Red” y “Wimbledon White” y sus interiores siempre eran negros.
La gama de motores quedaba configurada por el seis cilindros en V de 202 pulgadas cúbicas (aproximadamente 3,3 litros) y 115 CV y 250 pulgadas cúbicas con 155 CV. La gama de motores V8 estaba formada por el 302 pulgadas cúbicas con potencias de 220 y 290 CV (este último para el Boss 302), 351 de 250 CV y 290 CV, 390 de 320 CV, 428 Cobra Jet de 335 CV y 429 de 376 CV (Boss 429). Las versiones Shelby GT350 y GT500 estaban disponibles respectivamente con los motores 351 de 290 CV y 428 Cobra Jet.
Se produjeron 14746 convertibles, 150640 coupes, 134438 fastbacks y 2495 boss, con un total de 302319 unidades. La producción de Shelbys fue de 3155 unidades.