Laburar en Conicet usando GNU/Linux

¿Sos un defensor del Linux pero tienes miedo de ser feliz? ¿Es acaso que temes entrar a un laburo científico y tener que volver a ser el esclavo de Windows? ¿Crees que Mac es la respuesta a tus plegarias pero eres pobre e insolvente? Pues bien, este es tu post. Acá te enseñaré que no hace falta que abandones tu ideología; como estás estás bien; de hecho mucho más preparado que el resto para afrontarte a la ciencia de cara y de forma fresca y renovada. El objetivo de este post es numerar los programas que uso cotidianamente por si alguno no los conocés y brindarte alguna suerte de apoyo moral a quienes (como vos) surcan el espacio público enarbolando el estandarte del software libre (OS: Open Source). Uso Linux hace ratos ya. Empecé a usarlo cuando inicié la facultad, y déjame decirte que no era una carrera en Sistemas o algo relacionado con las computadoras. Acá en Agronomía siempre fue y será Windows y, aunque a veces suelen aparecer algunos niños apoderados que usan Mac, nadie conoce el software libre; le temen. No fue fácil entregar todos mis documentos en .odt (LibreOffice), y terminar discutiendo con los profesores que, anonadados con un formato nuevo, se negaban a corregirlo. Sin embargo, todos terminaban entendiendo mi posición; siendo una facultad pública, que te obliguen a usar programas privativos es como que te enseñen sólo a comer en McDonal's. También me he hecho de algunos adeptos contagiándolos con la facilidad de tener un sistema operativo que NUNCA se cuelga y NUNCA tendrán que lidiar de nuevo con craks y serials truchos. Además de ser estéticamente bello y lleno de efectos visuales que enamoran a cualquiera. Como siempre les dije, no hace falta renunciar a Windows para tener una buena computadora de trabajo que nunca pierda tus documentos ni los arruine; «un dual-boot te dejará seguir jugando tus juegos favoritos y usar alguno que otro programa que no tienes en GNU». En fin, al terminar la carrera entré como becario del CONICET y los problemas de la resistencia al OS volvieron a aparecer. Acá el trabajo en equipo es más intenso y tanto directores como becarios serán reacios a todo lo que no sea Windows. Sin embargo, el OS tiene una ventaja pavorosa frente a los programas privados: el mundo de Linux es basto, lleno de ideas nuevas y cambiantes. Y, ciertamente, los primordios de programas (que luego alguna que otra empresa toma «prestada») aparecen SIEMPRE primero en Linux, y luego de forma muy atrasada en Windows y Mac, bajo licencias pagas, por supuesto. Usando GNU/Linux siempre serás en silencio la envidia de todos. Así que vamos al grano; ¿Cuales son los programas libres que más vas a usar en la ciencia del Wet-Lab? Como ya sabías, LO es la cabeza del equipo. ¿Qué tiene de ventaja sobre el paquete Office? Su estabilidad, el echo de que nunca esté cambiando sus versiones, que no sea intra-incompatible con sigo mismo (una vergüenza lo que hace el equipo de Microsoft: odiaba tener que decidir en que formato guardar; ¿97?, ¿.xdoc? ¿modo compatibilidad?). Lo más importante que te dejará hacer LO es armarte un «Cuaderno Electrónico». Este tipo de herramienta, también llamada ELN (Electronic Lab Notebook) es fundamental para el trabajo en equipo y sobre todo para que tus directores tengan la posibilidad de hacerte un seguimiento constante día a día sobre lo que hacés. Otra ventaja novedosa es trabajar con .pdf's híbridos que se abren como un documento portable y al mismo tiempo es editable en LO. Lo primero que vas a tener que aprender es a manejarte con los «Estilos». Una vez los definas no tendrás que preocuparte por la fuente, ni la alineación, ni los tamaño de letra. Definís primero como querés que se vean las tablas, el cuerpo del texto, los títulos y subtítulos, y lo más importante; lo que dará estructura a tu cuaderno electrónico: la fecha. Con un formato de fecha bien distintivo y claro ya no tendrás que preocuparte por la estética de tu cuaderno. Solo bastará numerar las hojas e ir completando día a día tus avances, logros y fracasos. La clave está en usar las fechas como títulos que sean bien detacables fáciles de identificar. Fijate que todas las fechas están en el mismo formato, se ponen automáticamente y estructuran todo el documento de forma siemple y rápida. Lo mismo los epígrafes de los geles y las fuentes de las tablas. Otro tip importante es siempre colocar las fotos de tus resultados anclándolos como carácter y bajarle la resolución a un humilde 800x600 siempre guardando las originales fechadas y en una carpeta conocida. Así nunca tendrás problemas. La imagen del gel es en realidad un caracter centrado. Eso te facilitará muchas cosas en tus archivos y no se moverá de su lugar. El Gimp es un editor de imágenes RASTER (como el Photoshop), mucho más liviano y con herramientas más crudas y fáciles de usar. La gran ventaja es su rapidez, aún usando imágenes grandes, y su absoluta compatibilidad. Con él podrás copiar y pegar selecciones flotantes, embeberlas en LO, en tus correos, en otros programas, sin necesidad de guardarlas primero en un archivo. Particularmente yo lo uso para mejorar la visualización de geles de agarosa o acrilamida, enderezarlos, ver bandas que a ojo desnudo no se ven y acondicionar imágenes oscuras para su impresión en posters y para el uso en presentación en seminarios. Hay que recordar siempre el cerebro trabaja mejor viendo detalles oscuros sobre fondo blanco. Es lo más natural para él. Por esto, la foto del gel de agarosa se endereza, se invierten sus colores, se desaturaliza y se mueven los límites del gráfico "brillo/contraste" hasta acotarlo al pico más importante (que es el que contiene las bandas de interés) .Luego se nomenclaturan las calles y ya está armado para analizarlo y pesar las bandas. Este programa es el hermano del Gimp. Ambos suelen usarse a la par. Mientras en Gimp es RASTER, el InkScape es VECTORIAL. Este hecho trae múltiples ventajas: un texto nunca se te va a pixelar, una flecha siempre se verá decente y vas a poder trabajar con zooms infinitos. Cuando aprendas a usar las curvas Bezier, ya nada te detendrá. Los mejores esquemas serán los tuyos, los más prolijos, los más entendibles, y todo esto con el aditamento se ser absolutamente modificable tanto en forma como en colores, opacidad y hasta enfoque. Todo vectorial. Para los posters nunca uses PowerPoint, ni nada semejante. Apuntá siempre a algo vectorial y flexible como Adobe Iustrator, Corel Draw, o esta maravilla del InkScape. Es semejante al Ilustrator de Adobe y te va a ayudar no sólo a hacer los mejores posters, sino, que vas a poder implementar la nueva modalidad de las presentaciones dinámicas al estilo Prezi. Te contaré esto en la siguiente sección. Puede exportar en todo tipo de archivos como .svg (el formato vectorial), .jpg, .png y hasta .pdf, por lo que imprimir un plot es hipersencillo y no se correrá ningún objeto de lugar respetando todas las medidas que definiste para el lienzo. Este es un ejemplo de un esquema vectorial. Como ves, el nivel de zoom es infinito y nunca se te va a pixelar. Además se pueden hacer cuadros sinópticos y todo tipo de dibujos Si había algo que envidiar de los programas privativos era ese nuevo tipo de presentaciones dinámicas con zooms y animaciones no lineales. Prezi es un buen programa, intuitivo, rápido, simple. Pero con muchas desventajas también. La versión sin sello de agua es paga y además te obliga a publicar todas tus presentaciones a la vista de todos aún sin estar terminadas. Además usa Flash, que lo hace lento y engorroso. Otra desventaja es que la versión de escritorio es inestable y que siempre necesitás una conexión a Internet para tener acceso a tus archivos... y vamos... estamos el en tercer mundo, muchas veces Internet no es una herramienta disponible. Sozi en cambio no usa flash sino animaciones suaves y ligeras en HTML5, sus archivos se abren en cualquier navegador (Chrome, Firefox, Explorer) y se pueden visualizar sin problemas en cualquier sistema operativo y hasta en el celular. Nació originalmente como un simple plug-in del InkScape pero ahora es todo un programa echo y derecho, con muchas opciones y características interesantes, como por ejemplo elegir el formato de pantalla a usar y las velocidades de las animaciones a emplear. Hasta se pueden nombrar los «slides» para encontrar una tabla o figura fácilmente en medio de tu presentación. La idea con Sozi es primero ordenar las ideas en un lienzo de InkScape, guardar un archivo .svg, cargarlo con Sozi y comenzar con la parte divertida: la animación. Hay muchos tutoriales y ejemplos en Internet, pero es importante empezar con la idea de que cada capa individual del dibujo vectorial se va a comportar como una hoja de calcar independiente en Sozi. Podrás mover, rotar, recortar y hacer zoom a todos los objetos al mismo que estén dentro de una misma capa. Captura de Sozi. A la dizquierda la pantalla de visualización; a la izquierda las conraciones de la animación; y debajo la «línea de tiempo» donde cada paso (o fotograma clave) corresponderá a una «diapositiva». Otra cosa buena que tiene usar este tipo de presentaciones es que podrás detener el seminario y hacer zoom y moverte por los dibujos en el caso de que alguien desee más zoom en la imagen (porque son viejos y chicatos) sin afectar la continuidad de la presentación al retomarla nuevamente. Acá va un ejemplo rápido de las maravillas que podés hacer con Sozi. Tomate el tiempo: descargá el archivo HTML y ejecutalo con tu navegador preferido. Las diapos se pasan cliqueando la pantalla o mediante las flechas del teclado. En honor al organizador de la Tabla Periódica de los Elementos, Dmitri Ivánovich Mendeléyev, el programa Mendeley es una de las herramientas que más vas a usar como ferviente lector de artículos científicos. Mendeley es la excepción de la lista; es un programa privativo perteneciente a la editorial Elsevier y su principal función es organizar todos tus papers. Yo lo uso siempre y es un programa de cabecera. La principal característica es su buscador, que no sólo busca en los metadatos de los archivos (abstracts, keywords, autores, revista, año, et) sino que busca también en el cuerpo de los .pdf's. Mendeley te pide registrarte y te pregunta cuál es tu carpeta en donde guardás los papers. Luego los sincroniza en la nube de forma que puedas acceder a ellos desde cualquier computadora. Además, tiene herramientas de subrayado, creación de notas y todo esto manteniendo siempre tu documento original. En las capturas se ven los papers ordenados e indexados, el espacio para realizar anotaciones, la opción de resaltado y obvio lo más importante: el metadatos del documento que hace que tu biblioteca de artículos sea impecable. Otra herramienta de suma importancia es la de habilitar una barra de herramientas en LibreOffice que te permite citar tus papers guardados al mismo tiempo que escribís tus resúmenes y luego armarte de forma automática una bibliografía ordenada y formateada según tu estilo de revista preferido. La barra Mendeley en LibreOffice, completamente funcional y práctica que te permite citar en vivo y en directo sin preocuparte por los formatos de citaciones ni los órdenes alfabéticos para hacer la bbliografía. Si sos nuevo en esto de leer papers en inglés o con palabras muy técnicas, lo mejor es trabajar siempre con un buen diccionario a la mano. El traductor de Google es la opción por default pero también existe uno on-line muy bueno llamado «WordReference» que se especializa en la traducción de palabras específicas de diferentes áreas científicas. Sin embargo, hay que recordar siempre que Internet es fluctuante, lento y usar un navegador para algo tan simple resulta engorroso. GoldenDict nos viene como anillo al dedo. Es un programa off-line que puede indexar diferentes diccionarios (RAE, sinónimos, antónimos, bilingües, etc) a la vez. También tiene la opción de hacer una búsqueda simultánea en Wikipedia y hasta en WordReference. Todo en la misma ventana. Es muy práctico porque queda ejecutado en segundo plano y ante la duda uno solo debe seleccionar la palabra desconocida (sea donde sea que uno la esté leyendo) y mediante un comando rápido de teclas (Ctrl+C+C) se abre una ventana flotante con todas las traducciones y sus definiciones. En este post te enseño a instalarlo y a configurarlo con diferentes diccionarios útiles. Es el programa libre por defecto para calcular el peso de las bandas de tus corridas electroforéticas. Sólo necesitás la referencia (el marcador), delimitar las calles y definir los puntos de las curvas de intensidad. Presentación del programa. Tiene cuatro pasos bien intuitivos y fáciles de seguir, Tiene diferentes funciones para eliminar el ruido de fondo y detectar mejor las bandas y además tiene como herramienta un algoritmo que te calcula (siempre con una referencia de por medio), la cantidad de ADN que conforma cada banda (es decir una aproximación cuantitativa de la cantidad del amplicón). Otra función buena es una línea molde que te permite calcular el desfajase que ocasionan muchas cubas viejas en donde la corrida «sonríe». Un lujo el programa; libre, intuitivo, fácil de usar, y lo mejor es que te dibuja la curva de regresión con su R^2 para que tengas una idea de la confianza de tus resultados. Es especialmente útil en los geles de acrilamida que por su transparencia y color son difíciles de dar con las bandas, pero al trabajar directamente con los picos de intensidad, la parte subjetiva de «reconocer bandas» queda relevada al quinto plano. Paso 1: delimitar las calles a utilizar, en especial la del marcador de peso molecular. Paso 2: en el gráfico de curvas de intensidad lumínica delimitar los picos correspondientes al marcador para luego definir sus pesos (ya conocidos). Paso 3: cerciorarse que el R^2 sea confiable y que la corrida haya dado un buen patrón por lo menos para el marcador de peso. Paso 4: difinir los picos de las bandas de interés. Paso final: ver el calculo de peso de tus bandas y ser feliz. Nota aparte: como escanear los geles de acrilamida Aprovecho este post para contarte que luego de diversas pruebas llegué a la conclusión que la mejor forma de capturar un gel de acrilamida es invertirlo en el escáner. Las bandas deben quedar del lado del fondo blanco del aparato y no del lado del sensor (que sería la posición más intuitiva para escanear cualquier documento). La razón es que cuanto más cerca queden las bandas del fondo, menos sombra esparcirá sobre éste y menor será el efecto «fantasma» en la digitalización. Para geles grandes no queda otra más que repetir el proceso en tandas y unirlos luego digitalmente. El paso final será invertir la imagen para que no quede espejada. Intuitivamente uno trata de escanear el vidrio como si fuera una simple fotocopia, pero los mejores resultados se obtienen invirtiéndolo y escanearlo desde su fondo. La última parte es ajustar el brillo y contraste para que se visualicen bien las bandas de interés. En la siguiente imagen se nota la diferencia entre usar una posición normal (se ven fantasmas de las bandas y marcas resaltadas en rojo) con respecto a invertir el vidrio (última foto). Cuanto menos rastros de sombra quede en la imagen digital, más sencillo será su análisis posterior. Es el editor de texto por default de Ubuntu. Se utiliza para tomar notas en texto plano y sobre todo para programar. Pero lo que lo hace especial para nosotros es la increíble ligereza y su eficiente algoritmo para buscar palabras. ¿Para que lo usamos? Para las secuencias. Hay archivos de texto que pesan Gigas enteros, llenos de secuencias nucleotídicas o aminoacídicas que hasta al pobre y viejo Block de Notas le cuesta horrores abrir. A GEdit no le cuesta nada y para hacer una búsqueda rápida es la mejor opción a recurrir. Con su buscador minimalista encuentra cualquier secuencia o nombre en formato FASTA en cualquier parte del documento, no se cuelga y no tarda casi nada. Una joya haber encontrado una herramienta tan simple y rápida para este tipo de búsquedas. Búsquedas rápidas de secuencias o primers gracias a la ligereza de la aplicación. En nuetro lab hasta las compus con Windows lo tienen instalado ya que el Block de Notas se bloquea con archivos tan grandes. Si estabas acostumbrado a entrar a tus cuentas mediante el explorador, será hora de renovarte. Una vez que entres a tu nuevo trabajo vas a tener tu cuenta personal, una cuenta institucional, y es probable que tengas una tercera cuenta adicional para «boludeces» como inscribirte a diversos servicios. Cargar las cuentas vía navegador es engorroso y necesitarás tener todo a mano en un solo programa que te avise al instante cuando te llegan nuevos correos. Las opciones vienen de a miles, pero el más seguro es sin dudas el Thunderbird (de la firma Mozilla) y el Evolution que incluye calendario que se sincroniza con el GoogleCal. También hay otros muy bonitos como el Geary: «Make your choice». Los editores de texto son cada vez más complejos y pesados, y uno mucha veces sólo quiere sentarse y dejar volar la imaginación para escribir y ordenar las ideas. Para esto nacen estos editores (como el que estoy usando ahora). La característica fundamental es la de presentarte una hoja en blanco a pantalla completa; ni más ni menos. Muchos tienen MarkDown para dar formato al momento de la escritura, otros son más simples y simulan el ruido mecánico de una máquina de escribir. Yo uso FocusWriter, pero muchos usuarios están también muy conformes con GhostWriter entre otros. Captura de FocusWriter. Porque en biología molecular ¿Quién no tiene que analizar secuencias, clones y alinearlas? Acá te presento dos programas: uno simple y rápido para ordenar las primeras ideas estructurales de tu material y otro complejo y sofisticado, que contiene las herramientas que vas a necesitar... Si vas a trabajar en la biología molecular es probable que te topes tarde o temprano con la tarea de depurar clones secuenciados y alinear diferentes genes. El programa de cabecera es el llamado UGene de la firma Unipro. Pero es probable que primero quieras comenzar de forma simple para tener una idea general y aquí entra los programas como AliView; un programa libre y sencillo que te permitirá alinear con diferentes algoritmos genes y proteínas para formarte una idea inicial y general sobre lo que vas a trabajar. Es muy simple e intuitivo, por eso suele ser el primer movimiento que uno hace al trabajar con secuencias. Con comandos simples de copiar y pegar directamente desde el portapapeles facilita mucho la comprensión inicial de tus secuencias. Además puede alinear con diferentes algoritmos. En la captura se puede ver como identificó un intrón. Este es el programa más competo que existe para GNU/Linux (y multiplataforma) que cada vez es más aceptado en los diferentes grupos de trabajo. La razón es la flexibilidad que tiene, la opción de trabajar en sesiones y la enorme cantidad de herramientas que pone a tu disposición. UGene con el módulo FASTA abierto mostando la metionina inicial de una secuencia nucleotídica. Con este programa no sólo vas a poder alinear manualmente o con diferentes algoritmos (MUSCLE, CLUSTALO, CLUSTALW, T-COFFEE, etc), tanto aminoácidos como nucleótidos. Sino que vas a poder encontrar los ORF de las secuencias, crear árboles filogenéticos bien estéticos, diseñar primers con Primer3Plus, y realizar PCR in-sílico sobre archivos monstruo (como bases de genes). También te deja ver secuencias de plásmidos en formato circular y mil funciones que aún desconozco. Además te hace la complementary y la reverse-complementary mediante diferentes herramientas flotantes y todo esto off-line. La misma secuencia pero presentada en formato plásmido circular y con los ORF marcados en amarillo. Diferentes tipos de algoritmos de alinemiento disponibles. Para los que están familiarizados con el diseño de primers o cebadores, encontrarán seguro que la aplicación on-line (y libre) Primer3Plus, es una ayuda importante en el proceso. Bueno, para los usuarios de UGene, la cosa no cambiará mucho, ya que el mismo algoritmo está embebido dentro del software y con una apariencia ya muy familiar: Primer3Plus corriendo dentro de UGene sin la necesidad de una conexión a Internet. Lo lindo de este programa además de sus árboles estéticos, es la posibilidad de exportar tanto árboles en .svg como alineamientos en .png para preparar presentaciones y ordenar las ideas sobre la estructura de las secuencias. También tiene la función muy útil de crear las secuencias consenso a partir de archivos que se diferencian en pequeñas regiones. Construcción de árboles filogenéticos (diferentes algoritmos disponibles) y con posibilidad de exportarlos hasta en .svg. Los manuales llueven en Internet y los video tutoriales son también muy útiles. Inicialmente lo vas a encontrar difícil, pero tiene más prestaciones que otros programas pagos como DNAStar (de LaserGene) y Geneious que también son complicados de aprender. En el medio de la ejecución de protocolos se deben respetar tiempos muertos que seguro lo usarás para sentarte a la compu. Go-For-It! es un programa que cumple diferentes funciones, no sólo te sirve de timer, sino que te permite crear una serie de lista de cosas a hacer (una «to do list»). Una vez creada la lista, se especifica el tiempo que querés precisar para cada tarea y comienza la cuenta regresiva. Al terminar te dá un tiempo de «relax» para recrear la mente antes de iniciar la siguiente tarea. Mi recomendación es que se ejecute al inicio así nunca te olvidas de lo que te toca hacer. Tiene tres pantallas. La definición de la «To Do List», el Timer de ejecución, y las tareas finalizadas. Es un programa útil si lo usás frecuentemente, ya que te organiza toda la mañana reduciendo los tiempos muertos y te sirve como recordatorio de todas esas cosas sosas que uno tiende a olvidarse (renovar el medio boleto, inscribirse en cursos, actualizar el CV, etc, etc). Simple y efectivo. Si vas a trabajar con lupa o microscopio te vas a tener que entrenar en la digitalización de imágenes. Hay toda una serie de tips, como que el fondo siempre tiene que ser blanco, y entre muestra y muestra no hay que tocar ningún parámetro del micro (ni la intensidad de luz, ni la exposición ni el balance de blancos, etc). Pero lo más importante y que pocos saben es que en el instrumento, al trabajar con objetos tan pequeños, el efecto «macro» o «profundidad de campo» como se denomina en fotografía es máximo. Profundidad de campo en una foto macro, es el desenfoque del fondo (dicho mal y pronto). Este efecto es producido por la distorsión en la refracción de la luz que pasa por esos pequeños lentes y es lo que normalmente se ve como un fondo desenfocado. Bueno, en lupa y micro este efecto es máximo y muchas veces contraproducente; los aparatos tienden a enfocar sólo un plano muy limitado del objeto en cuestión dejando el resto en un velo desenfocado. Uno jugando con el paso fino llega a ver todos los planos, pero en la foto final sólo se ve un sólo segmento. Entonces, ¿cómo lograr una foto con todo mi objeto enfocado? Aquí aparece un algoritmo (que se ejecuta en terminal) llamado Enfuse. El programa «encuentra» de entre una serie de fotos que se diferencian en su plano de enfoque, el sector más definido, lo recorta y lo une a las otras partes enfocadas del resto de la secuencia fotográfica. Así recrea todo el objeto con buena definición. Esta es una secuencia de fotos con diferentes puntos de enfoque que al ser tomadas por Enfuse, las une en una sola imagen totalmente enfocada. Otro ejemplo de su función Comandos para la terminal Posicionarse en la carpeta que contiene las múltiples capturas (en formato .tif) y ejecutar: align_image_stack -m -a SALIDA *.tif enfuse --exposure-weight=0 --saturation-weight=0 --contrast-weight=1 --hard-mask --output=enfuse.tif SALIDA*.tif align_image_stack -m -a SALIDA *.tif && enfuse --exposure-weight=0 --saturation-weight=0 --contrast-weight=1 --hard-mask --output=enfuse.tif SALIDA*.tif Esto me ha servido mucho para fotografiar semillas, radículas, hongos, y hasta ovarios clarificados (que son transparentes y se puede barrer su interior observando las estructuras internas). En este caso necesité hacer de forma masiva una unión de diferentes capturas del mismo ovario pero enfocado a diferentes niveles. Como el ovario es tridimensional en un plano se ven un par de núcleos mientras que en otro se ven otros. Yo necesitaba representar en una sola imagen todos los núcleos que podía encontrar. Para ésto saqué varias fotos enfocando a cada grupo de núcleos y con Enfuse los uní en una sola imagen. Las dos fotos de arriba son las que difieren en los planos de enfoque, la imagen de abajo es el resultado final. Esta herramienta es usada también en la fotografía profesional para lograr efectos de claridad en todas las áreas de una imagen, por ejemplo partiendo de una secuencia de fotos que se diferencian en tener diferente exposición: Mismo efecto pero aplicado a secuencias con diferente exposición. Usar la terminal suele tener ventajas, pero también desventajas (para algunos). Para gustos; los colores: MacroFusion es un programa gráfico que integra el algoritmo de Enfuse y hace exactamente lo mismo pero de forma más userfriendly. MacroFusion en acción. Como se ve, en la exposición má corta las ventanas salen oscuras pero el cielo es nítido. En la exposición más larga las ventanas son visibles pero el cielo está quemado. El algoritmo toma lo mejor de ambas imágenes y crea una imagen funcional. Éste es otro programa de imágenes RASTER, pero no es de manipulación como el Gimp, sino de análisis. Es pavorosamente poderoso y está de moda hace ratos siendo citado en muchos artículos. Tiene mil funciones, pero las que más rescato es la de poder medir (siempre con referencias) ángulos, áreas, perímetros, longitudes. También identifica automáticamente diferente tipos de formas (esporas, neuronas, bacterias), puede contabilizarlas y tiene herramientas de coloreado diferencial para trabajar con capas y hacer las uniones de imágenes monocromáticas (por ejemplo sacadas con microscopios de fluorescencia) para lograr fotos íntegras con las diferentes fluorescencias contenidas en la misma captura. Ejemplo de la medición del áea de un ovario. Existen una gran variedad de plug-ins como los que sirven para trabajar con geles electroforéticos, pero para éso no te gastes: el GelAnalyzer (ya presentado) le pasa el trapo porque es mucho más dedicado a ese tipo de análisis. Vas a tener muchas reuniones con tus jefes y directores y está bueno tener organizadas las ideas de cada una según tema y fecha. He probado muchos programas para realizar notas, pero finalmente me quedo con «Notes», un programa con estética Elementary OS, que usa MarkDown. Se pueden embeber fotos, crear subcarpetas para las notas y todo esto con un perfil bien fino con la posibilidad de usar diferentes temas y configuraciones. Además es fácil su sincronización entre varias compus porque todo el programa queda confinado a una sola carpeta donde se ubican todas las notas. Solo necesitarás algún cliente como Dropbox para que esta carpeta esté siempre actualizada en tudas tus terminales. Captura del programa. A la izquierda la columna de cuadernos y secciones. A la derecha el texto con MarkDown con la posibilidad de intercambiar entre diferentes temas. Conocí Synfig cuando necesité animar un esquema previamente diseñado en el querido InkScape. Synfig vendría a ser como un programa de animación vectorial al estilo Flash. Se necesitaba en su momento mostrar la evolución en el tiempo del desarrollo de un ovario. El ovario de la planta ya lo teníamos esquematizado y mediante el uso de fotogramas claves sólo nos dedicamos a correr puntos de lugar, dibujar las meiosis y exportar un video explicativo del evento. Symfig es un lujo del OS. Fácil de usar e intuitivo. Si lo aprendés usar, serás la pura envidia de todos. Vos podes explicar una meiosis con fotitos o esquemas, pero el cerebro humano vive en el movimiento y la animación, y todo recurso que lo acerque al mismo va a ser más efectivo que cualquier otro artilugio. Bueno, esto es todo hasta ahora. Espero que les sirva a los nuevos iniciante el mundo científico. No se desanimen que la ciencia es Linux. Tiren recomendaciones, dudas y sugerencias que acá todos estamos aprendiendo día a día y hay mucho sustrato en el OS para nutrirse de herramientas útiles.