Transformarnos de nuevo en Link el niño
Siempre que comience el Primer Día apareceremos en la base de la Torre del Reloj situada en el Sur de la Ciudad Reloj.
Tendremos que subir por una de las rampas que hay a los lados de dicha torre y llegar justo detrás de ella. Allí encontraremos una puerta que nos llevará a la parte Norte de la ciudad.
En el Norte de la ciudad hay varios personajes. Tendremos que hablar con uno vestido de verde llamado Tingle y él nos venderá el mapa de la Ciudad Reloj por 5 rupias (y el del Bosque Catarata por 40).
Reunirnos con la Gran Hada de la Ciudad Reloj
En la esquina de abajo a la izquierda de la sección Sur de la Ciudad Reloj hay una pequeña rampa (según se ve el mapa). Debemos entrar por ella y así llegaremos a Lavadero de la ciudad.
Allí, sobre el agua veremos una pequeña hada volando. Tenemos que saltar hacia ella para atraparla y luego llevársela a la Gran Hada, la cual estará en una cueva que queda en el lado izquierdo del sector Norte de la Ciudad (donde estaba el vendedor de mapas.
Allí la Gran Hada nos dará la Barra de Magia. Si repetimos este mismo paso siendo Link Niño, el Hada nos dará la Careta de Gran Hada.
Conseguir la lágrima de luna
Una vez tengamos la Barra de Magia tendremos que ir al sector Norte de la Ciudad Reloj. Allí veremos a un niño intentando explotar un globo. Como somos Link Deku podremos disparar una burbuja a dicho globo para que explote y luego hablar con el niño.
Al hacerlo tendremos que aceptar su prueba, la cual consistirá en buscar 5 niños repartidos por la ciudad (Sector Norte: 2 Sector Este: 2 Sector Oeste: 1), antes de llegar al Segundo Día. Si lo logramos nos darán el Código Secreto. Una vez sepamos el código (cambia en cada partida) deberemos ir al lado Este de la ciudad y por allí encontraremos a un niño bloqueando un pasillo. Si le decimos el código nos dejará pasar.
Cuando estemos dentro deberemos avanzar por un canal de agua que hay dentro (rebotando sobre el agua) y así llegaremos a una habitación con una escalerilla en el fondo y un globo sobre ella. Tendremos que disparar una burbuja a dicho globo para que explote y luego subir. De esta manera entraremos al Observatorio.
Una vez dentro deberemos ir a la parte alta, hablar con el astrónomo y finalmente mirar por el telescopio. Deberemos enfocarlo hacia la parte alta de la Torre del Reloj y al hacerlo veremos una intro. Tras verla deberemos salir por la puerta que hay allí y así podremos coger la Lágrima de Luna.
Enfrentarnos a Skull Kid
Una vez tengamos la Lágrima de Luna tendremos que dirigirnos al sector Sur de la Ciudad Reloj. Una vez allí deberemos dirigirnos a una Flor Deku que hay por ese sector y al acercarnos a ella aparecerá un Vendedor Deku. Tendremos que hablar con él y luego darle la Lágrima. A cambio él nos dará la Escritura de Propiedad y a partir de ese momento podremos usar esa Flor Deku para volar.
Lo siguiente que tendremos que hacer será esperar a que sean las 12 de la noche del tercer y último día (cuando se ve una intro de fuegos artificiales). En ese momento se abrirá la puerta elevada que hay en la Torre del Reloj (bajo su esfera). Tendremos que usar la Flor Deku y, volando, llegar hasta allí y entrar. Al entrar apareceremos sobre la Torre del Reloj, lugar en el que encontraremos a Skull Kid.
Lo primero que tendremos que hacer será dispararle una burbuja y así haremos que se le caiga la Ocarina que nos robó al inicio del juego. Después tendremos que cogerla y al hacerlo aprenderemos la Canción del Tiempo. Tendremos que tocar dicha canción y así volveremos de nuevo al Primer Día. Esto hay que hacerlo obligatoriamente, ya que de momento no podremos derrotar a Skull Kid.
Transformarnos de nuevo en Link niño
Una vez hayamos vuelto al Primer Día con ayuda de la Ocarina, tendremos que entrar a la Torre del Reloj por la puerta que hay en su base.
Allí dentro deberemos hablar con el Vendedor de Máscaras y él nos enseñará la Sonata de Curación. Tocándola volveremos a ser Link Niño. También obtendremos la Máscara Deku para volver a convertirnos en Deku cuando queramos.