Al estallar la Segunda Guerra Mundial en setiembre 1939, Suiza comenzó de inmediato a prepararse para una posible invasión. El país entero se movilizó totalmente mientras se comenzó a fortificar posiciones en todas las fronteras. La fuerza total del ejército y las milicias crecieron a más de 500.000 a inicios de 1940.
En el curso de la guerra, planes detallados de la invasión fueron elaborados por el mando militar alemán,7 tales como la Operación Tannenbaum, pero Suiza nunca fue atacada, en tanto fue capaz de permanecer independiente a través de una combinación de concesiones económicas a Alemania, la disuasión militar y la buena fortuna como grandes eventos durante la guerra retrasó una invasión. Los intentos de los pequeños partidos nazis suizos para efectuar una Anschluss con Alemania fracasaron miserablemente, en gran parte como resultado de la herencia multicultural de Suiza, un fuerte sentido de identidad nacional suiza, y la larga tradición de democracia directa y las libertades civiles. De hecho, gran parte de la prensa suiza cuestionaba fuertemente las políticas del Tercer Reich, a menudo exasperando al gobierno alemán.
Bajo las órdenes de Henri Guisan, se ordenó una movilización masiva de fuerzas de la milicia nacional suiza, en tanto el país carecía (como hasta hoy) de un ejército permanente. La estrategia militar suiza había cambiado de una "defensa estática" en las fronteras, a una estrategia de "desgaste organizado" a largo plazo, combinada con la retirada a una serie de fuertes concebidos como posiciones bien almacenadas en los Alpes conocidas como el Réduit. Esta estrategia controversial era esencialmente una disuasión contra los atacantes tratando de dejar claro al Tercer Reich que el costo en vidas de una invasión sería muy elevado. La táctica suiza consistía en fijar la defensa en las zonas montañosas, dificultar la penetración enemiga en los valles, y como recurso final organizar una retirada ordenada hacia el Réduit en caso de no ser posible defender todo el territorio. El mando militar suizo aceptaba en último extremo que sería preciso ceder a los invasores el control de los principales centros de población, pero se mantendría el control de los enlaces ferroviarios y pasos cruciales en el Réduit.
Gracias a la neutralidad, Suiza fue una importante base para el espionaje por ambas partes en el conflicto y sirvió también como "puente" de las comunicaciones entre el Eje y los Aliados. Debido a que desde junio de 1940 el principal riesgo de invasión provenía de Alemania, a los fascistas suizos se les dio puestos de trabajo normalmente muy pobres, como guardias de prisiones y otros tipos de obras de rehabilitación, evitando que accedan a puestos de mayor responsabilidad. A pesar de la presión pública y política, a algunos oficiales de más alto rango en el ejército suizo simpatizaban con los nazis, en particular, el coronel Arthur Fonjallaz y el coronel Eugen Bircher, quien dirigió la Schweizerischer