Para unir varios videos en uno con mencoder ejecutar en una terminal el comando:
$ mencoder -ovc copy -oac copy -idx -o video.avi 1.mpg 2.mpg 3.mpg
Después de -o va el video de salida y los siguientes son los videos a unir, ejecutando ese comando se creara el archivo video.avi a partir de 1.mpg, 2.mpg y 3.mpg.
Ese comando solo funciona si tienen la misma codificación todos los vídeos, si no es así tenes que poner después de -ovc el codec de video, que podes ver los disponibles con mencoder -ovc help. Y despues de -oac el codec de audio, que podes ver los disponibles con mencoder -oac help.
Por ejemplo:
$ mencoder -ovc x264 -oac mp3lame -idx -o video.avi 1.mpg 2.mpg 3.mpg
Para mas opciones leer el manual:
$ man mencoder
Fuente: