Nacido en una familia adinerada el 8 de noviembre de 1951, se alistó en 1970 en la Escuela Naval Militar y egresó como guardiamarina en 1974, a los 23 años.
En el marco de la dictadura que comenzó el 24 de marzo de 1976, etapa llamada Proceso de Reorganización Nacional, Alfredo Astiz perteneció en la ESMA (convertida en un centro clandestino de detención) a un Grupo de Tareas para realizar operaciones ilegales encubiertas numerado como GT 332.
Se le encomendó la tarea especial de infiltrarse en las organizaciones de derechos humanos y en especial en la Asociación Madres de Plaza de Mayo. Para ello adoptó el nombre falso de Gustavo Niño, simulando ser familiar de un detenido-desaparecido.
El Grupo de Tareas 332 secuestró y detuvo clandestinamente al grupo de Santa Cruz: Azucena Villaflor de Vicenti, Esther Ballestrino de Careaga, María Ponce de Bianco (las tres fundadoras de Madres de Plaza de Mayo), las monjas francesas Alice Domon y Léonie Duquet, y los activistas de derechos humanos Ángela Auad, Remo Berardo, Horacio Elbert, José Julio Fondevilla, Eduardo Gabriel Horane, Raquel Bulit y Patricia Oviedo.
Los doce miembros de la iglesia Santa Cruz fueron torturados y asesinados al ser arrojados al mar en un vuelo de la muerte