La transformación en Vader (19 ABY)
Poco antes del fin de la guerra, la Primera Batalla de Cato Neimoidia sirvió en bandeja a Anakin y a Obi-Wan una importante pista para identificar al misterioso Darth Sidious: la silla mecánica de Nute Gunray. Este artefacto trasportaba un singular holotransmisor que llevaba datos e información capaz de dirigir las fuerzas de la República hasta su último objetivo, el escurridizo Darth Sidious. Mace Windu acotó el rastro en Coruscant, mientras Anakin y Obi-Wan rastreaban la pista en los Territorios del Borde Exterior. En ambos bandos les aguardaban aventuras conduciéndoles la pista del Borde Exterior devuelta a los Talleres en Coruscant, justo a tiempo para un ataque sobre el planeta perpetuado por la Confederación, haciendo volver inmediatamente a Anakin y a Obi-Wan a Coruscant después de su visita a Tythe. De vuelta en Coruscant, la identidad de Darth Sidious se barruntaba cada vez más cerca, la batalla aérea retrasó y disolvió la investigación. Mace Windu se unió a la batalla, enfrentándose con el General Grievous, que acabo escapando y aunque muy mal herido, capturó al Canciller Palpatine, llevándolo a su nave insignia, la Mano Invisible.
Sin embargo, antes de que el ejército Separatista fuese capaz de huir de Coruscant, Anakin y Obi-Wan llegaron por fin del Borde Exterior en un intento de rescatar al “cautivo” Canciller. Moviéndose entre la congestionada batalla, asaltaron la nave insignia en sus interceptores Eta-2 clase-Actiss. Los dos Jedi pelearon a su manera en el interior de la nave hasta que llegaron a los aposentos del General en lo alto de la torre de mando, en donde Palpatine estaba retenido, sus brazos sujetos con abrazaderas al asiento del General. Al acercarse para liberarlo, el Conde Dooku entró en la sala escoltado por dos súper droides de batalla B2 para enfrentarse a los Jedi. Palpatine les recomendó que pidieran ayuda ya que no podrían con él por tratarse de un Lord Sith, pero Obi-Wan, indiferente, hizo caso omiso de sus palabras de temor, contestándole confiadamente «Canciller Palpatine, los Lores Sith son nuestra especialidad.»
Al contrario que en su primer encuentro con Dooku, Obi-Wan y Anakin lucharon juntos contra él en un duelo muy bien coordinado, hasta que el Lord Sith usó la Fuerza de Choque contra Kenobi mientras simultáneamente empujaba a Anakin y lanzaba a Obi-Wan al otro lado de la sala, dejando al Maestro inconsciente e inmovilizándolo con un trozo de pasarela arracada mediante la Fuerza. Anakin continuó luchando, dejando al final que sus emociones sacaran lo mejor de si mismo tal y como se lo echó en cara Dooku. Anakin comenzó a desatar todo su miedo, ira y odio, superando con creces el Makashi de Dooku con su propio master de Djem So. El breve duelo, acabó abruptamente cuando Anakin segó las manos de Dooku, dejando al Lord Sith desarmado; un acto de venganza de su anterior duelo.
Satisfecho con el resultado, Palpatine urgió a Anakin que matara a Dooku. Después de dudar en ejecutar los deseos del Canciller, finalmente Anakin con sus dos sables láser (incluyendo el sable rojo de empuñadura curva de Dooku) cruzándolos alrededor del cuello de Dooku, lo decapitó al conmocionado Conde, matándolo instantáneamente. Anakin no sabía que estaba siendo usado por Palpatine para traicionar a Dooku y así poder adiestrar al joven Jedi en los caminos del lado oscuro, pero Anakin inmediatamente después se arrepintió de su acción, recordando que no era el estilo Jedi matar a un prisionero indefenso. Sin embargo, Palpatine, tranquilizó la conciencia de Anakin diciéndole que fue un “acto natural” de venganza de cuando Dooku le cortó el brazo, y le dijo que no era la primera vez, recordándole lo que le contó sobre su madre y los moradores de las arenas.
Anakin liberó a Palpatine de sus ataduras y salieron de la sala, cargando con el inconsciente Obi-Wan a la espalda, ignorando las exhortaciones de Palpatine de dejar al Maestro. Sin embargo su escapada fue breve, siendo rápidamente capturados y llevados ante el General Grievous en el puente de mando de la nave. A la orden de Anakin, R2-D2 distrajo de improviso a los presentes, permitiendo a Anakin y a Obi-Wan recuperar sus sables láser, liberarse de sus esposas y atacar a los escoltas y droides del general. Desafortunadamente, Grievous consiguió escapar de los Jedi y activar todas las cápsulas de salvamento ya que su buque insignia se empezaba a caer a trozos y a caer en picado hacía la capital galáctica, arrastrados por la gravedad del planeta. Anakin consiguió pilotar lo que quedaba de la nave y efectuar un violento aterrizaje forzoso en una pista de aterrizaje abandonada de una zona industrial de Coruscant.
Caída al lado oscuro
A su regreso a Coruscant, Anakin se reunió con su mujer y le reveló que estaba en embarazada, al oír aquello, Anakin rebosó de alegría. Sin embargo, más tarde fue turbado por pesadillas de Padmé muriendo durante el parto. Siguieron malos tiempos. Para salvar a su mujer, Anakin deseó buscar e investigar en los holocrones de Maestros eruditos, holocrones que estaban restringidos para todos excepto para los Maestros Jedi. Cuando Palpatine designó a Anakin como su representante en el Consejo Jedi, fue como un sueño hecho realidad, naturalmente él suponía que le concederían el título de Maestro, dándole acceso para los restringidos holocrones. Sin embargo, aunque varios Jedi aceptaron de mala gana que Anakin estuviera en el Consejo, le negaron el rango de Maestro Jedi, enfureciéndole y frustrándole. Después de una tensa sesión, Anakin expresó su indignada opinión a Obi-Wan sobre el asunto, atormentándose con el hecho de que necesitaba ser un Maestro para salvar a su amada.
Más adelante cortando su confianza en ellos, el Consejo Jedi urgió a Anakin seguir de cerca de Palpatine, aunque Obi-Wan estaba en contra de esta decisión. Esto llevó a Anakin a perder el respeto por los miembros del órgano de gobierno, la desconfianza y la duda le acosaban y acabó por contárselo a su esposa. Poco después de esto Anakin conoció a Iguni quien después de tener una breve conversación con él, tuvo una visión de Anakin cayendo al lado oscuro, lo que hizo Iguni con esta premonición es desconocido.
Al continuar reuniéndose con Palpatine, el Canciller poco a poco fue sembrando las semillas del lado oscuro en Anakin. Jugando con su miedo de perder a Padmé, le contó la historia de un Lord Sith, Darth Plagueis, que llego a ser tan poderoso que podía evitar que los demás muriesen. Finalmente Palpatine le reveló su propia verdad y le ofreció a Anakin la oportunidad de aprender los caminos del lado oscuro y usar su poder para salvar a Padmé.
Anakin se dio cuenta de que Palpatine era Darth Sidious y prontamente informó de esto a Mace Windu, aunque luego se arrepintió atormentándose con las palabras de Palpatine. Mace, después de ordenar a Anakin permanecer en las cámaras del Templo fue junto con otros tres Maestros Jedi—Agen Kolar, Saesee Tiin y Kit Fisto—para arrestar al Canciller. Palpatine se batió con los Jedi, matando a tres de ellos casi instantáneamente. Solo Windu resistió. Él y Palpatine continuaron luchando hasta que el Maestro Jedi gano ventaja, apuntando su sable a la garganta del encogido Sith (aunque Palpatine parecía haber perdido, esto podía ser una simulación para ganarse la compasión de Anakin, su prometedor protegido). Mientras en el Templo Jedi, Anakin estaba obsesionado con un insoportable tormento: con la muerte de Palpatine, perdería toda esperanza de salvar a su mujer del destino de sus pesadillas.
Una elección fatídica del destino
Atormentado por visiones de Padmé muriendo sin los conocimientos de Palpatine. Anakin salio disparado del Templo, tomando un aerodeslizador y corriendo al lugar de Palpatine. No tenía claro que es lo que iba a hacer, todo lo que sabía es que tenía que hacer algo. Coincidencialmente, Anakin llegó justamente a tiempo de ver a Windu prepararse para matar a Palpatine.
Como si estuviera previsto, Palpatine atacó a Windu con el relámpago de Fuerza mientras suplicaba a Anakin que le ayudase. A duras penas consiguió reflejar el relámpago de Palpatine, Windu gritó a Anakin que no le escuchase. Durante el auto-inflingido ataque violento, Palpatine comenzó a trasformarse físicamente mientras luchaba por intensificar sus poderes del lado oscuro con su propia energía vital, su rostro se deformó horriblemente y sus ojos se tornaron amarillos. Windu prevaleció y manifestó su deseo de matarlo y acabar con los Sith; sin embargo Anakin le rebatió, afirmando que Palpatine tenía derecho a un juicio, y que ejecutarlo no era el estilo Jedi. Esto estaba de acuerdo con su arrepentimiento de matar a Dooku antes en una situación opuesta, pero más claramente por su miedo a perder la oportunidad de salvar a su mujer de la muerte. Windu ignoró a Anakin preparándose para matar a Palpatine, pero en una imprudente precipitación, el aterrado Anakin desplegó su sable y cortó la mano derecha de Windu. Antes de que Windu pudiera responder, Palpatine uso el relámpago de la Fuerza para enviar al Maestro Jedi a través del destrozado ventanal hacia su muerte.
Dándose cuenta por completo de lo que había hecho, Anakin fue asolado por la culpa y cuestionado por sus acciones, pero estaba demasiado agotado emocionalmente y aturdido para resistirse a Palpatine, quien declaro que estaba cumpliendo con su destino. Al rato lo animó para abrazar el lado oscuro y convertirse en su aprendiz. Anakin dijo que haría cualquier cosa que Palpatine deseara; todo lo que quería era salvar la vida de Padmé y su ayuda para conseguirlo. Palpatine le prometió que juntos, encontrarían el secreto, admitiendo tácitamente que él no tenía la habilidad de engañar a la muerte. Anakin se comprometió con la Orden Sith y Sidious lo bautizó con un nuevo nombre: Darth Vader.