Los mapas mentales, conceptuales y diagramas de flujo destacan por su increíble eficiencia envuelta en la sencillez comunicacional de las formas que les componen. Sin embargo, la dependencia al software de pago como el ofrecido por la Gran Empresa ya conocida, que no voy a nombrar porque por ahi me baja el karma

, afecta dicha utilidad al punto de prescindir de su uso en ausencia de la aplicación.
Hoy comparto algunas de las mejores alternativas (para mí), no todas libres pero al menos se pueden usar de manera legal sin costo alguno.
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DIA
Un aplicación Open Source con un diseño muy intuitivo, iconos grandes, inserción de imágenes y cuadrículas guía en el campo de dibujo. Junto a su formato especial de archivos .dia permite exportar los resultados a los formatos más populares de imágenes y diagramas, incluyendo por supuesto los .vdx de Visio. Funciona en Windows, GNU/Linux y Mac OS X.
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Cacoo
Cacoo es una herramienta on-line muy amigable para el usuario. Cacoo le permite crear una gran variedad de diagramas como mapas de sitios, diagramas de red y UML, diagramas de marcos. Cacoo puede ser usada gratuitamente.
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LUCIDCHART
Una alternativa On-line caracterizada por sus opciones de arrastrar y soltar todo tipo de objetos, trabajo colaborativo y un buscador integrado que analiza las bases de datos de Icon Finder y Google Images para disponer de cualquier imagen en la red al instante. El registro es gratuito aunque las funcionalidades extra requieren al menos de cuentas de email .edu.
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Diagramly
También On-line, drag and drop, con vista previa de la página completa, menús desplegables al estilo Visio -incluso el color es parecido- y un destacable sistema de organización de elementos por categorías. No tiene siquiera pantalla de inicio o de registro, basta con entrar a la página para ya estar en el campo de dibujo. Los resultados pueden guardarse como XML, PNG, JPG y SVG.
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Pencil Project
Para diseñar los algoritmos y primeros esquemas de interfaces de aplicaciones (GUI) tanto móviles como para PC, contando para ello con decenas de plantillas predeterminadas según el proyecto. Viene como extensión para Firefox y aplicaciones de escritorio para los OS populares.
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Cmap Tools
Brinda la posibilidad de realizar mapas conceptuales apenas arrastrando las formas obteniendo simultáneamente las flechas de unión y campos de texto. Se encuentra limitado por el uso correcto de conectores y conceptos, aunque la gestión de contenidos es impecable. Por defecto sólo funciona en Windows.
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OpenOffice y LibreOffice Draw
La herramienta de dibujo de las suites ofimáticas libres dispone de una buena cantidad de recursos para realizar diagramas de manera sencilla, además de que su diseño limpio y ligero permite sacar beneficio de todas sus funciones desde el primer uso. Exporta a formatos XML, SWF, PDF e imagen. Me atrevería a decir que la mejor alternativa a Microsoft Visio, especialmente por la cantidad de ayuda en línea para exprimirle aún más y la compatibilidad con el resto de la suite.
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PSeInt
PSeInt es una herramienta para aprender la lógica de programación, orientada a estudiantes sin experiencia en dicha área. Mediante la utilización de un simple y limitado pseudo-lenguaje intuitivo y en español, permite comenzar a comprender conceptos básicos y fundamentales de un algoritmo computacional. Nacido originalmente como proyecto final para la materia Programación I de la carrera Ingeniería en Informática de la Facultad de Ingeniería y Ciencias Hídricas de la Universidad Nacional del Litoral, es en realidad un intérprete de pseudocodigo basado en los contenidos de la cátedra de Fundamenos de Programación de dicha carrera.
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FreeDFD
FreeDFD es un editor e intérprete de diagramas de flujo. Permite editar, ejecutar y depurar algoritmos representados como diagramas de flujo.
Fue pensado para la enseñanza de algoritmos básicos, pero se puede usar para construir algoritmos complejos usando llamadas recurrentes y arreglos de varias dimensiones.
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Espero les guste el aporte... Saludos