Probablemente en más de una ocasión habran necesitado comparar dos ficheros de texto para encontrar, por ejemplo, pequeñas diferencias entre dos códigos en el que uno funciona y otro no. Como los IDE cada día están más extendidos y cada vez traen más funcionalidades, los programas que se dedican sólo a comparar dos ficheros son cada vez más bien partes o complementos de entornos o editores.
Sin embargo, sigue existiendo software específico de calidad como Meld. Meld es un comparador de ficheros para Gnome, implementado en Python, que nos permite compara de manera muy intuitiva gracias a la sintaxis coloreada, el resaltado de las diferencias o la posibilidad de comparar no dos, sino tres ficheros o incluso directorios completos (comparando pares de ficheros).
Otras alternativas para esta misma tarea (interesantes sobre todo si no utilizan Gnome) son:
diff: El programa de consola en que se basan en el fondo los demás.
Kompare: El comparador para KDE
http://meld.sourceforge.net/
http://www.linuxhispano.net/2010/02/09/meld-comparador-de-ficheros-para-gnome/