Probado en ubuntu 12.10 funciona perfectamente
primero tienes que instalar el ffmpeg
sudo apt-get install ffmpeg mencoder pavucontrol
Para grabar el escritorio con ffmpeg solo basta con ejecutar el siguiente comando:
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ffmpeg -f x11grab -s 1366x768 -r 25 -i :0.0 -sameq /home/user/Escritorio/out.mp4
solo tienen que cambiarle el nombre de usuario donde dice user ponen su nombre de usuario
El numero después de -r es a la tasa de fps que quieren que se grabe, y ~/out.mpg es el archivo de salida. Para parar la grabación presionan Ctrl+C o q en la terminal que lo ejecutaron. Ejecutando ese comando se va a generar un archivo llamado out.mpg en el home. Lo que va después de -s es la resolución de pantalla, wxga es 1366x768. Se puede poner como anchoxalto, por ejemplo 1024x768, 800x600 o sino así:
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wsxga: 1600x1024
wuxga: 1920x1200
woxga: 2560x1600
wqsxga: 3200x2048
wquxga: 3840x2400
whsxga: 6400x4096
whuxga: 7680x4800
cga: 320x200
ega: 640x350
hd480: 852x480
hd720: 1280x720
hd1080: 1920x1080
16cif: 1408x1152
qqvga: 160x120
qvga: 320x240
vga: 640x480
svga: 800x600
xga: 1024x768
uxga: 1600x1200
qxga: 2048x1536
sxga: 1280x1024
qsxga: 2560x2048
hsxga: 5120x4096
wvga: 852x480
wxga: 1366x768
sqcif: 128x96
qcif: 176x144
cif: 352x288
4cif: 704x576
Se puede cambiar el formato, cambiando la extensión de ~/out.mpg. Tambien se puede cambiar el codec, bitrate y demas, solo mirar el manual de ffmpeg:
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man ffmpeg