Para programar con java hay dos IDEs que recomiendo absolutamente.
El primero es NetBeans
y el segundo es Eclipse.
Instalen cualquiera de los dos, si bien los proyectos creados con NetBeans no pueden ser facilmente abiertos en Eclipse y de Eclipse a NetBeans, recomiendo que instalen cualquiera de los dos. Sobre todo que instalen desde sus páginas oficiales que les dejo en este post.
Lo primero que verán en NetBeans son la barra de proyectos, archivos y servicios a la izquierda, mientras que del otro lado verán la barra de paleta. En el centro es donde ustedes escribirán sus programas.
En la parte inferior izquierda verán el navegador, éste puede estar como que no.Y en la parte de centro, centro derecha y abajo verán la consola con otros varios servicios más.
Para iniciar un proyecto nuevo ponen click en File/New Project o simplemente hacen click en el ícono de la cajita marrón arriba a la izquierda, justo debajo de la opción Edit.
Al poner New project verán una ventana que les pedirá el tipo de proyecto. Les recomiendo que siempre pongan el botón next en vez de finish, por que siempre hay algo que setear. Pongan el nombre del proyecto y se terminó.
Verán que se crean varios directorios y entre esos hay uno que se llama source packages, en esos estarán los paquetes de datos y los archivos .java en donde programar.
Con click derecho sobre el proyecto o directorio ustedes pueden crear nuevos paquetes. Mas adelante en los programando en java veremos como se manejan.
En Eclipse es parecido en algunos aspectos. Las ubicaciones de las cosas es muy parecida así que ni me gasto en describirla. Ponen en el botón new y eligen que quieren de nuevo, proyectos, archivos y demás. Casi todo funciona igual que NetBeans.
A modo de gusto NetBeans es bastante mas versátil que Eclipse, para el tema de descargas de paquetes y para la creación de nuevos proyectos, agregando librerías es bastante mejor.
Las versiones anteriores de NetBeans tienen la posibilidad de poder programar en una multiplicidad de lenguajes como es Python, y que en la versión nueva los han dejado de lado, teniendo solo java como principal lenguaje (no quiere decir que no se pueda programar en otros lenguajes con este IDE)
Por otro lado NetBeans permite abrir una multiplicidad de archivos y entre otros no necesitar proyectos armados para poder abrirlos.
Recomiendo que se bajen el NetBeans.