El 24 de Noviembre de 1991, un día después de haber anunciado su enfermedad, muere Freddie Mercury.
Según su pareja, Jim Hutton , a Mercury le diagnosticaron sida después de la Pascua de 1987. En aquella época, Mercury dijo en una entrevista que no padecía esta enfermedad. Pese a estas negaciones, la prensa británica alimentó rumores sobre esta posible enfermedad debido a la apariencia de Mercury y a que Queen no realizaba giras ni conciertos. Hacia el final de su vida, muchos periodistas le tomaron fotografías, mientras que The Sun sugería que estaba realmente muy enfermo.
El 22 de noviembre de 1991, Mercury llamó al mánager de Queen, Jim Beach , para discutir un asunto público. Al día siguiente, se realizó el siguiente anuncio en nombre del cantante:
Siguiendo la enorme conjetura de la prensa de las últimas dos semanas, es mi deseo confirmar que padezco sida. Sentí que era correcto mantener esta información en privado hasta el día de la fecha para proteger la privacidad de los que me rodean. Sin embargo, ha llegado la hora de que mis amigos y seguidores conozcan la verdad y espero que todos se unan a mí y a mis médicos para combatir esta terrible enfermedad. Mi privacidad ha sido siempre muy importante para mí y soy famoso porque prácticamente no doy entrevistas. Esta política continuará.
Al poco tiempo de haber redactado este informe, el 24 de noviembre de 1991, Mercury murió a la edad de 45 años. La causa oficial de su muerte fue bronconeumonía complicada por el sida. Pese a que no era una persona religiosa, su funeral fue dirigido por un sacerdote zoroástrico. Elton John , David Bowie y los miembros de Queen estuvieron presentes. Mercury fue incinerado y sus cenizas reposan en algún lugar aún desconocido. Se rumorea que fueron esparcidas por Mary Austin a lo largo del Lago Lemán de Suiza, donde Mercury vivió sus últimos años y donde se halla su monumento conmemorativo, concretamente en la ciudad de Montreux . También se dice que reposan a los pies del enorme roble que corona el jardín de su residencia Garden Lodge , en Kensington, y que quedó repartida también entre varios teatros londinenses; ninguna de estas afirmaciones ha podido confirmarse hasta ahora.
En su testamento , Mercury legó la mayoría de sus bienes, incluida su casa y los derechos de autor sobre sus canciones, a Mary Austin, y el resto a sus parientes y a su hermana Kashmira. Además dejó quinientas mil libras para su cocinero Joe Fanelli y la misma suma para su asistente Peter Freestone y Jim Hutton, y cien mil para su chofer Terry Giddings.Mary Austin continúa viviendo con su familia en la casa de Mercury, llamada Garden Lodge, en Kensington. Hutton se mudó a Irlanda en 1995, donde murió el 1 de enero de 2010. Escribió algunos libros sobre la vida de su pareja, entre ellos Mercury and Me y Freddie Mercury: The Untold Story , y dio diversas entrevistas para varias publicaciones.