Debes iniciar el PC con el cdrom de windows como si fueses a instalarlo desde cero, llegarás a un punto en el que te pide Reparar windows, elijes esa opción y se te abre la consola donde puedes escribir, escribes chkdsk /r (la barra / se escribe con la tecla -) haces click en intro y empezará el chekeo.
El chekeo puede durar horas dependiendo del tamaño de tu disco duro, despues reiniciar y ya debes poder iniciar windows normalmente, recuerda sacar el cd de windows al finalizar el chekeo.