Una fimosis puede ser congénita (primaria) o adquirida (secundaria).
La fimosis congénita patológica debe diferenciarse de la adherencia del prepucio adquirida con el nacimiento, que tiene su origen en el desarrollo del cuerpo. Es decir, es normal que en los bebés y niños no pueda retirarse el prepucio del todo. Esto desaparece en la mayoría de los casos entre los tres y cinco años por sí solo a través del crecimiento natural.
Solo nos encontraremos ante una fimosis primaria patológica cuando persiste la imposibilidad de retirar el prepucio. Las posibles causas para una fimosis secundaria a la cicatrización son las infecciones repetidas o los desgarros y heridas cicatrizadas. Una fimosis se puede dar por tirar de la piel de forma violenta y prematura en bebés o niños. También cuando habitualmente se inflaman el prepucio o el glande puede desencadenarse la cicatrización. El tejido cicatrizado se contrae y se endurece ligeramente, lo que propicia la aparición de fimosis.
Las causas de la parafimosis aparecen cuando alguien con fimosis retrae la piel por detrás del glande y aquella no vuelve a su posición inicial.