Buenas, este es otro post que roza el crap.
Despues de probar Unity un par de dias, me paso a KDE. Hacia mucho que no lo usaba y la verdad a mejorado muchisimo. La velocidad y el rendimiento del sistema va bastante mejor. Lo unico que me pasaba era que cuando ponia videos Flash en pantalla completa, el mismo quedaba detras de todas las ventanas, como un fondo de pantalla. Despues de leer un thread [ Bug 253900 ], encontre una simple solucion. Simplemente es una configuracion de foco de ventana.
Para resolverlo, primero entramos en System Settings -> Windows Behavior, luego en la barra de la izquierda, abrimos la pestaña WIndow Behavior y donde pone "Focus strealing prevention level" seleccionamos "None", aplicamos los cambios y listo. Ahora todos los videos se mostraran correctamente en pantalla completa.