Ekiga,
http://ekiga.org/
Anteriormente llamado GnomeMeeting, es una aplicación de software libre para realizar videoconferencias y telefonía IP para GNOME. Usa el hardware o software compatible con H.323 (como Microsoft Netmeeting) y se libera bajo licencia GPL. Además está disponible para sistemas Unix y Windows.
Permite todas las características modernas de una videoconferencia como soporte de proveedor inteligente o llamadas de telefonía desde el ordenador a un teléfono.
Para su correcto funcionamiento debe disponerse de una cuentas SIP, que puede crearse gratuitamente desde Ekiga.net. Por otro lado, para poder realizar llamadas a teléfonos convencionales desde el PC se debe disponer de una cuenta con algún servidor de telefonía por internet. El mismo programa recomienda el proveedor Diamondcard Worldwide Communication Service, si bien existen muchos otros como VoIPBuster. Estos servicios no son gratuitos sino que se paga al proveedor del servicio en función del teléfono de destino según sus tarifas.
XMPP/Jingle
http://www.gnutelephony.org/index.php/GNU_Telephony
Es un protocolo de comunicaciones que permite realizar conferencias en audio y video, entre los clientes que se supone soportan este protocolo, tenemos a empathy, pidgim, kopete y psi. Los servicios basados en este protocolo son muchos y muy conocidos: Google Talk, Facebook, Tuenti, etc. La "desventaja" es que las llamadas se realizan usando otro protocolo, distinto al de Skyp, por lo que hay que registrarse en otro servicio para hacer uso de las llamadas de voz. Sin embargo, como casi todos poseemos una cuenta de Google/Gmail, Faceboook, etc. lo único que hay que hacer para conectarnos es ingresar esos datos. A través de este protocolo se puede transferir mensajes de texto, audio, video, archivos, etc.
Google Talk,
El complemento del chat de Gmail, puede instalarse y utilizarse a través de cualquier explorador de Internet y es completamente funcional en Linux. En un futuro, se estima que permitirá llamadas a teléfonos fijos y celulares en todo el planeta (esta función está todavía en desarrollo). Si tu idea es realizar un chat de voz y video fácilmente, ésta es la mejor opción... siempre que tengas Gmail, claro.
Jitsi
Antes conocido como SIP Communicator, fue ampliando funcionalidades poco a poco hasta llegar a lo que es hoy, tal vez el cliente VoIP más completo para Linux. Soporta SIP, XMPP, y de una forma u otra, VoIP y también los protocolos de AIM, Windows Live, Yahoo!, Facebook y otros. Como ves, Jitsi puede ser usado como un cliente de mensajería instantánea habitual, una aplicación para realizar videoconferencias, llamadas de voz VoIP y mucho más. Corre muy bien en Windows, Mac y hasta hay una versión para Android en camino. Se trata de una aplicación Java.
Linphone
http://www.linphone.org/eng/download
Es un cliente de VoIP que se diferencia de los demás por correr en Mac, iPhone y Android. Hace uso del protocolo SIP, pero también podés usarlo para comunicarte libremente con cualquier persona por internet, a través de voz, vídeo y mensajería instantánea.
Qutecom
Anteriormente conocido como WengoPhone, es un softphone SIP desarrollado por el proyecto OpenWengo que permite hacer llamadas a otros usuarios de softphone SIP y también a teléfonos convencionales con el surtido libre del proveedor. Es un software libre bajo la licencia GNU GPL.
Blink
http://icanblink.com/
Es un cliente SIP para Mac que ahora corre también en Windows y Linux. Tiene soporte para VoIP, transferencia de archivos, mensajería instantánea, uso compartido del escritorio, multiconferencias, etc.
Mumble
Es un excelente software para chat de voz orientado a los gamers.
http://usemoslinux.blogspot.com/2011/05/algunas-alternativas-libres-skype.html