Si nos fijamos, al pulsar Ctrl+H, nos aparecen una serie de archivos/carpetas con un punto al principio del nombre, y que volviendo a pulsar esa combinación se ocultarán de nuevo. Como bien habréis deducido, el que tengan un punto delante es lo que Nautilus interpreta como que debe ser ocultado. Así que, una de nuestra solución para ocultar por ejemplo carpetas (sirve igual para archivos), será el poner un punto al principio del nombre.
Por ejemplo, a la carpeta Manga, si le ponemos el punto delante desaparecerá a no ser que pulsemos Ctrl+H

También puede darse el caso de que queramos mantener oculta esa carpeta, pero tener acceso a ella directamente, para esto bastará con Crear un enlace:
Si por el contrario quieres que siempre estén visibles los archivos ocultos, bastará con ir a Editar-Preferencias-Vista, y marcar Mostrar los elementos ocultos y de respaldo.

Por supuesto, esta solución es válida para cualquier escritorio con GNOME, y que utilice Nautilus como gestor de archivos.
Por ejemplo, a la carpeta Manga, si le ponemos el punto delante desaparecerá a no ser que pulsemos Ctrl+H

También puede darse el caso de que queramos mantener oculta esa carpeta, pero tener acceso a ella directamente, para esto bastará con Crear un enlace:
Si por el contrario quieres que siempre estén visibles los archivos ocultos, bastará con ir a Editar-Preferencias-Vista, y marcar Mostrar los elementos ocultos y de respaldo.

Por supuesto, esta solución es válida para cualquier escritorio con GNOME, y que utilice Nautilus como gestor de archivos.