La CPU y la RAM no son fijas, por lo que podrán ser reemplazadas, a diferencia de lo que se ha visto en equipos anteriores de Apple.
El procesador Intel Xeon E5 que viene en la Mac Pro se puede retirar del sistema, por si el usuario decidiera cambiarlo. En el pasado, Apple había usado piezas fijas, imposibilitando que los dueños pudieran hacer mejoras o cambios, incluso en equipos de alto rendimiento para profesionales.
Una de las principales quejas en el pasado ha sido la RAM soldada a la placa madre, cosa que aquí tampoco está presente y se podrá cambiar también. La confirmación del procesador que se puede retirar viene de Other World Computing, quienes desarmaron el cilindro y publicaron muchas fotos de las partes incluidas dentro del aparato.
El resto de los componentes aparentemente no podrá ser reemplazado, ya que el Mac Pro usa tarjetas gráficas diseñadas especialmente y una interfaz propietaria para las unidades de estado sólido. Dado el tamaño reducido del equipo de Apple, la compañía espera que los usuarios lo mejoren con periféricos: El equipo tiene seis puertos Thunderbolt 2, cuatro USB 3.0, dos entradas de Ethernet Gigabit y una salida de video HDMI 1.4.