Linux no te mostrará así como así donde se haya todo ese espacio ocupado. Ni con el analizador de disco, ni manualmente, ni nada de nada. Y es simplemente por que no tienes permiso para ello.
Cuando te explique donde se encuentra todo ese espacio consumido te darás cuenta que todo (tratándose de Linux) tiene su lógica. También te darás cuenta que cuanto más trabajas con el sistema rooteado y más archivos elimines como root pulsando la tecla Supr, más espacio perderá tu disco que no puedes gestionar como usuario normal.
Ya te he dado una buena pista de donde se puede encontrar toda esa cantidad de GBs perdidas, que no se recuperaran a no ser que lo realices como root.
Expliquemos esto un poco. Cuando estás moviéndote por el árbol de directorios como root y eliminas archivos, estos salvo que se le indique lo contrario van directamente a la papelera (Trash) del usuario root. Con el paso del tiempo puedes encontrarte si utilizas el sistema muy a menudo rooteado (como es mi caso) una considerable cantidad de GBs en su papelera. Para que te hagas una idea, yo la última vez que limpie esta papelera en Ubuntu (que hace tiempo que no utilizo) fueron unas 110 GB de nada. Esto si sabes que el sistema se comporta así no hay problema ya que simplemente vas, lo limpias y hasta la próxima... pero si no tienes ni idea de esto, puedes tener un gran problema ya que no encontrarás de una forma fácil (que sí lo es) que es lo que ocupa tanto espacio.
Por otra parte la carpeta Trash del usuario root no está a la vista. Primero es oculta y segundo no se encuentra en la ruta que uno puede esperar encontrarla.
Sí, puede parecer que esta hecho con un poco de mala idea sí, pero la seguridad tiene esas cosas.
Bueno ya por ultimo voy a decirte donde se encuentra dicha carpeta para que puedas eliminar todo su contenido y según el caso recuperar un espacio increíble.
Detallaré aquí los pasos a seguir de una forma gráfica y clara.
Abrimos Nautilus.
Seleccionamos el sistema de archivos
Buscamos la carpeta root
Clicamos en ella con el botón derecho del ratón y seleccionamos Abrir como Administrador
Nota: si no tienes esta opción de Abrir como Administrador en tu menú, abre Nautilus desde un terminal con la orden: sudo nautilus
y sigue los pasos a partir de aquí.
Se nos abrirá esta carpeta (root) donde solamente veremos la carpeta Desktop (que es el Escritorio root).
Para que se nos muestren todas las carpetas pertenecientes al usuario root, nos dirigiremos al menú Ver y seleccionaremos Mostrar los archivos ocultos:
Una vez sean visibles nos dirigiremos a la carpeta .local:
Luego seguiremos por la carpeta share y por último Trash:
Como podéis comprobar en la captura, con el poco tiempo que tiene mi sistema LMDE instalado ya tengo en esta papelera cerca de 8GB (no reales) que me ocupan un espacio que me puede ser muy necesario. En realidad es bastante más como se puede comprobar luego en el espacio libre resultante, pasando de 31.7 GB libres a 45.1 GB libres. ¡Cerca de 14 GB de basura!.
Para liberar este espacio, tan sólo debemos entrar en la carpeta Trash seleccionar todo el contenido de su interior y con el botón derecho del ratón o la tecla Supr las eliminamos. Si quieres puedes eliminar directamente la carpeta Trash ya que volverá a ser creada:
Pues nada ya hemos terminado. Ahora ya depende de ti el acordarte o no de pasarte por la siguiente ruta de vez en cuando...
/root/.local/share/Trash
...y hacer labores de limpieza.