GNU/Linux nos da varias posibilidades de probar y experimentar con diferentes entornos, pero siempre nos encontramos con una mezcla de programas y configuraciones en los menús principales de cada uno.
Existen aplicaciones que nos permiten organizar las aplicaciones que no corresponden a tu escritorio actual, diferenciandolo en un apartado de tu menú.
Gnome Menu Extended es el menú normal de Gnome, pero incluye una carpeta donde se guardan todas las aplicaciones y opciones de KDE. Se instala fácilmente descargando el paquete para cualquier distribución: Debian (y Ubuntu), Slackware o el código fuente para compilarlo. Una vez instalado, se activa yendo a Preferencias --> Add KDE Menu.
K Menu Gnome es un menú exactamente igual que el KMenu original, pero incluye una carpeta donde residen todas las aplicaciones de Gnome, en sistemas que tienen ambos escritorios instalados. Está disponible para Debian (y Ubuntu), Slackware, Fedora y el código fuente para compilarlo en cualquier sistema.
Con esto tendras tus menús ordenados...
Sitio oficial | Gnome Menu Extended | K Menu Gnome