Couturier es una aplicación para Gnome que nos permite fusionar varios archivos PDF en uno solo.
Acaba de ser liberada la versión 0.6.2 que agrega soporte para Ubuntu 12.04. La aplicación es muy intuitiva y fácil de usar. Les dejo a continuación un video mostrando sus capacidades:
Pueden instalarlo en Ubuntu 12.04 con este paquete deb
http://gtk-apps.org/content/download.php?content=102837&id=1&tan=86222887