El actual Senador Nacional estuvo prófugo durante 48 horas, en octubre de 1994. Por entonces se desempeñaba como intendente de Quilmes y el juez en lo Correccional y Criminal Ariel González Eliçabe había ordenado su captura en el marco de una causa en la que se investigaba la contratación de un estudio jurídico para negociar la deuda de ese municipio con la empresa Aguas Argentinas. Fernández fue acusado en aquel momento por falsificación de documento público. La firma del convenio había sido denunciada por la concejala del Frente Grande María del Carmen Alburúa, con el patrocinio del doctor Juan Pablo Cafiero.
El actual Senador se escondió durante aquellos días en el domicilio de un amigo y sólo reapareció una vez que la Cámara de Apelaciones le concedió el hábeas corpus que habían solicitado sus abogados, Federico Domínguez, Marcelo Ordoqui y María del Carmen Falbo, la actual procuradora de la Suprema Corte bonaerense. Ante el periodismo, Fernández explicó en aquel entonces que sólo quiso resguardar la investidura del intendente.
El actual Senador se escondió durante aquellos días en el domicilio de un amigo y sólo reapareció una vez que la Cámara de Apelaciones le concedió el hábeas corpus que habían solicitado sus abogados, Federico Domínguez, Marcelo Ordoqui y María del Carmen Falbo, la actual procuradora de la Suprema Corte bonaerense. Ante el periodismo, Fernández explicó en aquel entonces que sólo quiso resguardar la investidura del intendente.