Lamentablemente, la única herramienta "nativa" para Linux que tiene estas funcionalidades es Okular, el visor de PDFs de KDE. Si sos un animal GNOME, como yo, no tenés la misma suerte. Claro, existen muy buenos programas para editar PDFs (unir, separar, rotar, encriptar, etc.) pero ninguno de ellos te permite agregar notas y, lo más importante, subrayar o resaltar texto. Sin embargo, hay una vuelta de tuerca...
La solución consiste en bajar un programa llamado PDF-Xchange-Viewer. Esta hermosura nos permite hacer todo eso que tanto anhelamos, aunque tiene 2 "desventajas": sólo hay una versión para Windows y no es software libre, aunque sí es de descarga gratuita. En definitiva, podés bajarlo gratis y correrlo con Wine. Te aseguro que funciona de mil maravillas.
Los pasos a seguir son:
1.- Instalar Wine si no lo tenés instalado:
sudo apt-get install wine
2.- Descargar la versión portable del programa.
3.- Descomprimir y ejecutar el archivo PDFXCview.exe.
http://usemoslinux.blogspot.com/2010/08/como-resaltar-subrayar-agregar-notas.html

La solución consiste en bajar un programa llamado PDF-Xchange-Viewer. Esta hermosura nos permite hacer todo eso que tanto anhelamos, aunque tiene 2 "desventajas": sólo hay una versión para Windows y no es software libre, aunque sí es de descarga gratuita. En definitiva, podés bajarlo gratis y correrlo con Wine. Te aseguro que funciona de mil maravillas.

Los pasos a seguir son:
1.- Instalar Wine si no lo tenés instalado:
sudo apt-get install wine
2.- Descargar la versión portable del programa.
3.- Descomprimir y ejecutar el archivo PDFXCview.exe.
http://usemoslinux.blogspot.com/2010/08/como-resaltar-subrayar-agregar-notas.html