Para los programadores de java que recién inician aqui tienen unos links de un tutorial muy bueno sobre implementaciones de persistencia de objetos con MySQL y archivos xmls o anotaciones. El tutorial te permite ver el paso a paso y bajar los proyectos para NetBeans.
Son pequeñas aplicaciones que corren desde el main pero no es del otro mundo adaptarlas a web (como mi caso).
Les recomiendo que bajen los proyectos y corran en Bases de Datos diferentes las distintas opciones, veran que hay más opciones que solo las que bajan. Alli apareceran las diferencias que aparecerán al implementar lo mismo con archivos xmls o con anotaciones.
Les dejo todas las páginas. Vayan a la primera y de alli navegen por el sitio.
http://www.javatutoriales.com/2009/05/hibernate-parte-1-persistiendo-objetos.html
http://www.javatutoriales.com/2009/05/hibernate-parte-2-persistiendo-objetos.html
http://www.javatutoriales.com/2009/06/hibernate-parte-3-relaciones-uno-uno.html
http://www.javatutoriales.com/2009/06/hibernate-parte-4-relaciones-uno-muchos.html
http://www.javatutoriales.com/2009/08/hibernate-parte-5-relaciones-muchos-uno_02.html
http://www.javatutoriales.com/2009/08/hibernate-parte-6-relaciones-muchos.html
http://www.javatutoriales.com/2009/09/hibernate-parte-7-hql-primera-parte.html
http://www.javatutoriales.com/2010/05/hibernate-parte-8-hql-segunda-parte.html
http://www.javatutoriales.com/2010/07/hibernate-parte-9-parametros-en-hql.html
http://www.javatutoriales.com/2010/08/hibernate-parte-10-herencia.html
http://www.javatutoriales.com/2010/08/hibernate-parte-11-interceptores-y.html
http://docs.jboss.org/hibernate/annotations/3.5/reference/en/html_single/#entity-hibspec-collection