BiodiversityR - complemento del R commander para cálculos de diversidad
Este complemento agrega un nuevo menú al R Commander con el que se pueden hacer en forma gráfica varios análisis vinculados a la biodiversidad.
1. Para instalarlo primero tienen que abrir el R (no el R commander, porque si lo abren, no les va a dejar iniciar el complemento de diversidad) y después poner:
install.packages("BiodiversityR", dependencies=T)
2. Una vez instalado, para cargar el paquete tienen que poner:
library("BiodiversityR")
3. Para que inicie el R Commander con el nuevo menú:
BiodiversityRGUI()
4. Si quieren que cargue este complemento cada vez que se inicia el R, hay que editar el archivo Rprofile.site (en Linux está en /etc/R) para que quede así:
.First <- library(BiodiversityR)
BiodiversityRGUI()
5. El uso es bastante similar al de cualquier base de datos que carguen en el R pero tiene algunas salvedades. Supongamos que se tiene una base de datos de abundancia de distinta especies en dos zonas, pasando los datos al Excel, o al Calc de Libreoffcie debería quedar algo así:
Después hay que importar los datos en el R (si no saben, se explica ).
Si todo sale bien, al visualizar los datos (una vez cargados en el R) se debería ver algo así:
El paso siguiente consiste en definirla como una matriz de datos de una comunidad. Para eso, primero ingresan este código:
comu<-Datos[,2:ncol(Datos)]
Obviamente donde dice Datos tienen que poner el nombre con el que los importaron desde Excel o Calc.Lo que hace la fórmula es crear un nuevo objeto llamado comu que tiene todas las filas y desde la segunda a la última columna de Datos.
En el paso siguiente eligen del menú BiodiversityR -> Community matriz -> Select community data set...
En el cuadro de diálogo que se abra hay que elegir el objeto que acaban de crear (comu). Esto es así, porque para hacer el análisis sólo reconoce la matriz de datos de las especies, sin datos adicionales, como en este ejemplo sería la columna llamada Zona.
Para confirmar que la base de datos se importó correctamente, pueden elegir del menú BiodiversityR -> Community matriz -> Check data sets. Si no hay ningún error o ninguna variable mal ingresada, no debería aparecer ninguna notificación nueva en la ventana de notificaciones de R Commander (la de abajo del todo). Si tienen dudas de si apareció algo o no, repiten el paso y listo.
Para calcular la diversidad, riqueza, abundancia total o equitabilidad en cada muestra, hay que ir al menú BiodiversityR -> Analysis of diversity -> Diversity indices... para que se abra una ventana como la siguiente:
En esa ventana eligen lo que quieren calcular en el recuadro Diversity index (richness para el número de especies, abundance para el total de individuos, Shannon para el índice de diversidad de Shannon y Jevenness para un índice de equitatividad), en Calculation method eligen separate per site para que calcule un índice por muestra y tildan la opción save results para que agregue a su base de datos una columna con los datos del índice que calcularon. Por último presionan OK. Si quieren agregar otro índice a la base de datos, basta con elegir el que quieran del recuadro Diversity index y vuelven a presionar OK. Una vez que hayan calculado todos los índices que quieran, presionan Cancel.
Si sólo calcularon la riqueza, al visualizar los datos debería salir algo así:
Ahora sólo queda hacer los test correspondientes para cada una de las variables creadas y sus respectivos gráficos.
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