orlando_2312

Qué hay, pues les voy a dejar un post largo de 2 días, hoy empezamos con la primera parte. Vamos a usar el NCBI para poder localizar alguna enzima que nosotros deseemos conocer que ya este identificada, si ustedes quieren identificarla tendremos que buscar las “putativa” en su secuencia genómica en este caso será de de Picrophilus torridus DSM 9790. El Picrophilus torridus DSM 9790 tiene un genoma de 1,55 millones de pares de bases de largo y contiene aproximadamente 1583 genes es un Acidófilico (extremófilos) que puede crecer a temperaturas de alrededor de 60C, Una membrana que es muy impermeable a los protones permite que este arquea pueda vivir a un pH tan bajo como 0, mientras que el mantiene un pH de 4,6 internamente. Taxonomia: cellular organisms; Archaea; Euryarchaeota; Thermoplasmata; Thermoplasmatales; Picrophilaceae; Picrophilus; Picrophilus torridus. Una vez identificando que microorganismo vamos a buscar. 1.- Abrimos nuestra página en la cual llevaremos a cabo todo el proceso http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 2.- En la parte superior derecha tenemos el buscador, en el cual introducirán el nombre de su organismo (nombre científico) y de preferencia su secuencia genómica completa en esta caso queda “Picrophilus torridus DSM 9790, complete genome” 3.- Les dará este resultado: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=nuccore&cmd=search&term=Picrophilus%20torridus%20DSM%209790,%20complete%20genome Después lo que prosigue es seleccionar el cual deseemos nosotros, en este caso seleccionamos el primer resultado: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AE017261.1?ordinalpos=1&itool=EntrezSystem2.PEntrez.Sequence.Sequence_ResultsPanel.Sequence_RVDocSum 4.- ahora al entrar en la página nos mostrara todas las secuencias las cuales unas ya están identificadas y otras no, en este caso buscaremos una “Glycosyl transferase”, nos vamos hasta el final de la pagina y buscamos algo como esto: gene complement(1537605..1538492) /locus_tag="PTO1533" CDS complement(1537605..1538492) /locus_tag="PTO1533" /EC_number="2.4.1.-" /codon_start=1 /transl_table=11 /product="glycosyl transferase" /protein_id="AAT44118.1" /db_xref="GI:48431253" Damos clic en el que dice gen de la enzima “Glycosyl transferase” Y les debe de salir su secuencia de aminoácidos. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/48429720?from=1537605&to=1538492&report=gbwithparts En este caso hay varias secuencias de aminoácidos, nosotros buscamos la que nos codifique para “Glycosyl transferase”, que seria la secuencia de en medio. Para verificar que sea nuestra secuencia correcta vamos a hacer un ORF Finder (Open Reading Frame Finder) que solo vamos a abrir el marco de lectura para ver si esta ordenada la secuencia de DNA o esta volteada. Para eso ingresamos a: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/orfig.cgi En esa lo que deben de hacer es meter la secuencia de DNA, y usaremos la tabla de codones numero 11, ya que en las indicaciones nos dice que usan /transl_table=11. Metemos la secuencia: DNA ttaattaaagaaaaagtcaagtccactggagaaattaccatgtgatcttttatataaataatttcttataaat ccaggaaacatgaaatgaaacaatgatccaatggtgaaaataataatgtttttaatgctctttttcatgtaattattataaagga ttctaaaagatattctaaatatgccttttctatcagcagacattaataaaatgccatagcatgataaataaatgaaaagctcagaata tcttcttccggggccacttgtatatggcaggaacgttttaatatcatttaatgatctattgtaaatttcaatattccttttataaaattcatca acaggcccatggtaaattgttgaattaccggtatctgagtgatatactgtgagtggctcatcaatatttacaaacctgaactccatggc ccttgcgtatatgtaaatatccaggcctgtattaatgttctccggtatctttattgacctcgcaagatttatgcttattgccgtggagctcatg ttgaatccaggtatgtttataatctttcctttatctgcattatcagttatcaatgcattatgaacataatcatagcccatatcaaaatattttga aattttaaccaatttttcaggtttaaactcatcatcatcctctaggaagcatattacatcgcctgatgccatggaaattccctcaataatcttt cctgaaaggcttttttcatggcttctaatataaattatatcatcatcaagttttagatctatgtttgaaattactattatttcaag gtcatttaaaatctgattttttaccgattttatggccctttctacgtattcacgcctgtcataaacggttattaatattgaaaacctcat Y ahora seleccionan la tabla de codones 11 y presionamos el botón orfFind. Ahora nos abre una página en la cual nos muestra varias barras, nosotros seleccionamos la que esta completamente azul ya que esa nos indica que usa las 888 bases para la proteína, las cuales concuerdan con la secuencia de aminoácidos que tenemos: A.A  MRFSILITVYDRREYVERAIKSVKNQILNDLEIIVISNIDLKLDDDIIYIRSHEKSLSGKIIEGISMASGD VICFLEDDDEFKPEKLVKISKYFDMGYDYVHNALITDNADKGKIINIPGFNMSSTAISINLARSIKIPE NINTGLDIYIYARAMEFRFVNIDEPLTVYHSDTGNSTIYHGPVDEFYKRNIEIYNRSLNDIKTFLPYTS GPGRRYSELFIYLSCYGILLMSADRKGIFRISFRILYNNYMKKSIKNIIIFTIGSLFHFMFPGFIR NYLYKRSHGNFSSGLDFFFN Y si se dan cuenta nuestra secuencia de NCBI esta al revés. Por el día de hoy es solo esto, ahora espero que si les gusto lo practiquen y si tiene dudas coméntenlas y veremos que podemos hacer por ustedes. Mañana terminaremos haciendo un BLAST e identificando proteínas “Putativa” y saber que enzimas no cortan esa secuencia para poder sacarla y “pegársela” a un plásmido de una bacteria.

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